| 順位 | 選手名 | 所属名 | レーン | タイム | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 田 上 真 一 | 慶應義塾大学 | IN | 04:22.96 | |
| 2 | 土 屋 直 人 | 山梨学院大学 | OUT | 04:23.64 | |
| 3 | 平 野 将 紀 | 山梨学院大学 | IN | 04:26.11 | |
| 4 | 渡 部 裕太郎 | 神奈川大学 | OUT | 04:30.58 | |
| 5 | 矢 野 圭 祐 | 関東学院大学 | IN | 04:32.76 | |
| 6 | 小 泉 貴 昭 | 大東文化大学 | IN | 04:40.61 | |
| 7 | 遠 山 大 輔 | 関東学院大学 | IN | 04:43.12 | |
| 8 | 樽 石 真 典 | 大東文化大学 | OUT | 04:43.82 | |
| 9 | 平 田 健 一 | 都留文科大学 | OUT | 05:20.33 | |
| 10 | 萩野谷 征 裕 | 慶應義塾大学 | OUT | 05:32.72 | |
| 11 | 橋 本 吉 晃 | 東北大学 | OUT | 05:40.15 | |
| － | 山 本 達 也 | 都留文科大学 | IN | DNF |