| 順位 | 選手名 | 所属名 | レーン | タイム | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 土 屋 慎 吾 | 山梨学院大学 | IN | 00:38.54 | |
| 2 | 杉 山 真 吾 | 山梨学院大学 | IN | 00:39.00 | |
| 3 | 豊 吉 純 | 大東文化大学 | OUT | 00:39.99 | |
| 4 | 高 山 雄 匠 | 大東文化大学 | OUT | 00:40.57 | |
| 5 | 増 田 淳 志 | 関東学院大学 | IN | 00:40.81 | |
| 6 | 中 原 康 仁 | 慶應義塾大学 | OUT | 00:40.82 | |
| 7 | 飯 田 洋 平 | 関東学院大学 | OUT | 00:41.44 | |
| 8 | 山 本 達 也 | 都留文科大学 | IN | 00:47.52 | |
| 9 | 阪 上 文 博 | 慶應義塾大学 | IN | 00:50.99 |