| 順位 | 選手名 | 所属名 | レーン | タイム | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 吉 田 真一郎 | 慶應義塾大学 | IN | 00:37.89 | |
| 2 | 斉 川 哲 利 | 信州大学 | IN | 00:39.42 | |
| 3 | 宮 澤 惇 | 信州大学 | IN | 00:39.46 | |
| 4 | 増 田 淳 志 | 関東学院大学 | OUT | 00:39.71 | |
| 5 | 佐久間 裕 一 | 関東学院大学 | OUT | 00:40.17 | |
| 6 | 豊 吉 純 | 大東文化大学 | OUT | 00:40.74 | |
| 7 | 高 山 雄 匠 | 大東文化大学 | IN | 00:41.09 | |
| 8 | 関 久 大 | 慶應義塾大学 | OUT | 00:41.91 | |
| 9 | 古 川 智 一 | 筑波大学 | OUT | 00:42.48 | |
| 10 | 石 田 輝 明 | 神奈川大学 | IN | 00:43.85 | |
| 11 | 早 田 央 | 都留文科大学 | OUT | 00:44.41 | |
| 12 | 川 口 和 幸 | 都留文科大学 | IN | 00:46.75 | |
| 13 | 渡 辺 拓 磨 | 筑波大学 | OUT | 00:47.01 |