| 順位 | 選手名 | 所属名 | レーン | タイム | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 土 井 槙 悟 | 早稲田大学 | OUT | 00:38.21 | |
| 2 | 吉 田 真一郎 | 慶応義塾大学 | IN | 00:38.82 | |
| 3 | 若 林 勇 太 | 早稲田大学 | IN | 00:39.38 | |
| 4 | 宮 澤 惇 | 信州大学 | OUT | 00:39.86 | |
| 5 | 服 部 浩 文 | 関東学院大学 | IN | 00:40.85 | |
| 6 | 佐久間 裕 二 | 関東学院大学 | OUT | 00:40.95 | |
| 7 | 原 田 翔 史 | 仙台大学 | IN | 00:41.18 | |
| 8 | 関 久 大 | 慶応義塾大学 | OUT | 00:41.63 | |
| 9 | 竹 中 俊 輔 | 信州大学 | IN | 00:41.83 | |
| 10 | 千 葉 俊 一 | 国士舘大学 | OUT | 00:42.49 | |
| 11 | 早 田 央 | 都留文科大学 | IN | 00:44.41 | |
| 12 | 下 居 宏 泰 | 筑波大学 | OUT | 00:45.39 | |
| 13 | 渡 辺 拓 磨 | 筑波大学 | IN | 00:52.62 |