| 順位 | 選手名 | 所属名 | レーン | タイム | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 吉 田 真一郎 | 慶應義塾大学 | OUT | 00:37.37 | |
| 2 | 服 部 浩 文 | 関東学院大学 | OUT | 00:39.89 | |
| 3 | 長 田 学 | 関東学院大学 | IN | 00:40.07 | |
| 4 | 斉 藤 仁 | 仙台大学 | OUT | 00:40.25 | |
| 5 | 袴 田 真 吾 | 仙台大学 | IN | 00:41.06 | |
| 6 | 高 野 正 樹 | 早稲田大学 | OUT | 00:43.29 | |
| 6 | 清 水 博 久 | 早稲田大学 | OUT | 00:43.29 | |
| 8 | 西 尾 賢 佑 | 都留文科大学 | IN | 00:44.72 | |
| 9 | 森 谷 茂 樹 | 東北大学 | IN | 00:45.09 | |
| 10 | 角 倉 徹 哉 | 筑波大学 | OUT | 00:45.14 | |
| 11 | 大 浦 孝 明 | 都留文科大学 | IN | 00:45.60 | |
| 12 | 下 居 広 泰 | 筑波大学 | IN | 00:46.15 | |
| 13 | 清 水 正 継 | 信州大学 | IN | 00:49.26 |